Saliti i pochi gradini che delimitano il presbiterio si può osservare nel lato destro, dietro una lastra di vetro, un monocromo su frammento di muro asportato dalla sacrestia, con la “Sepoltura di Cristo” celebre affresco attribuito a Perin Del Vaga.
Alle pareti possiamo anche vedere gli affreschi “Battesimo di sant’Agostino” e “Consacrazione episcopale di sant’Agostino” di Cesare Maccari (1889).
Proseguendo oltre la balaustrata ottocentesca di marmo, qui spostata durante i recenti lavori per un altare rivolto verso il popolo dei fedeli, ci si trova nell’area absidale, dominata dal precedente altare maggiore, opera genovese della fine del 1600, dopo il quale si trova il coro dei frati con elaborati stalli lignei settecenteschi e grande badalone centrale (il mobile – leggio girevole su cui venivano tenuti aperti i corali per il canto dell’ufficio divino).
Sopra la volta “Gloria di san Vincenzo” e nel catino del coro “Nostra Signora della Consolazione in adorazione del Figlio”, entrambe di Filippo Alessio (1825).
